Pendekatan pembelajaran mesin baru mempercepat pencarian konformer molekuler
Machine

Pendekatan pembelajaran mesin baru mempercepat pencarian konformer molekuler


Jurnal Teori Kimia dan Perhitungan ” width=”800″ height=”530″/>

Kredit: Jurnal Teori dan Perhitungan Kimia

Pencarian yang sesuai terus menjadi topik yang sangat diminati dalam kimia komputasi, desain obat, dan ilmu material. Ini adalah upaya yang menantang karena dimensi ruang pencarian yang tinggi dan biaya komputasi metode kimia kuantum yang akurat yang diperlukan untuk menentukan struktur molekul dan energi. Sebelumnya, mencari konformer molekuler berarti bahwa ribuan struktur perlu dilonggarkan terlebih dahulu. Oleh karena itu, proses ini memakan banyak waktu dan sumber daya komputasi bahkan ketika diterapkan pada molekul kecil.

Makalah baru-baru ini yang ditulis oleh Lincan Fang, Esko Makkonen, Milica Todorovic, Patrick Rinke, dan Xi Chen mengusulkan prosedur pencarian konformer molekuler yang menggabungkan algoritma pembelajaran aktif Bayesian optimization (BO) dengan metode kimia kuantum untuk mengatasi tantangan ini. Pembelajaran aktif BO dengan cerdas mengambil sampel struktur dengan energi rendah atau ketidakpastian energi tinggi, sehingga meminimalkan titik data yang diperlukan.

Dalam makalah ini, penulis menguji prosedur pada empat asam amino (sistein, serin, triptofan dan asam aspartat). Setelah hanya 1000 perhitungan titik tunggal dan sekitar 80 relaksasi struktur, yang kurang dari 10% dari biaya komputasi metode tercepat saat ini, tim menemukan bahwa konformer energi rendah sangat sesuai dengan pengukuran eksperimental dan perhitungan referensi.

Penulis pertama Fang sekarang berencana untuk memperluas metode untuk mencari struktur molekul yang terikat pada nanoclusters.

Makalah penelitian ini diterbitkan di Jurnal Teori dan Perhitungan Kimia dan telah dipilih sebagai sampul tambahan dari masalah tersebut.


Para peneliti membuka jalan untuk menghitung spektrum dichroism melingkar dengan lebih efisien


Informasi lebih lanjut:
Lincan Fang dkk. Pencarian Konformer Asam Amino yang Efisien dengan Optimasi Bayesian, Jurnal Teori dan Perhitungan Kimia (2021). DOI: 10.1021 / acs.jctc.0c00648

Disediakan oleh Aalto University

Kutipan: Pendekatan pembelajaran mesin baru mempercepat pencarian untuk konformer molekuler (2021, 1 April) diambil pada 1 April 2021 dari https://techxplore.com/news/2021-04-machine-approach-molecular-conformers.html

Dokumen ini memiliki hak cipta. Selain dari transaksi yang adil untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten tersebut disediakan untuk tujuan informasi saja.


Halaman Ini Di Persembahkan Oleh : Result SGP